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殼斗科錐屬物種間相似基因組變異模式獲揭示
作者：朱漢斌，周標峰    來源：中國科學報
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中國科學院華南植物園研究員王寶生團隊在廣東省基礎(chǔ)與應(yīng)用基礎(chǔ)研究旗艦項目和廣東省重點實驗室項目資助下，研究揭示了殼斗科錐屬物種間相似基因組變異模式形成的進化機制。相關(guān)成果發(fā)表于《分子生物學與進化》（Molecular Biology and Evolution）。
遺傳變異的形成與維持機制是進化生物學研究的重要議題。已有研究表明不同物種間的基因組變異模式存在一定的相似性，受到多種進化力量的影響。但是不同進化機制對相似基因組變異景觀形成的貢獻，以及不同機制間復(fù)雜的互作模式尚不清楚。此外，已有的研究大都基于近期快速輻射產(chǎn)生的物種或者少量分化時間較長的物種對，缺乏在長期進化尺度上對基因組變異景觀的系統(tǒng)性研究。
該研究首先組裝了一個高質(zhì)量的甜櫧（Castanopsis eyrei）參考基因組，繼而對我國亞熱帶常綠闊葉林中廣泛分布的12個錐屬物種進行群體水平的取樣，通過基因組重測序獲得了5千多萬個單堿基核酸變異位點（SNP）。群體基因組學分析發(fā)現(xiàn)這些物種的基因組變異格局高度相似，并且遺傳變異水平與重組率以及基因密度高度相關(guān)，說明長期的連鎖選擇和保守的基因組特征共同塑造了相似的基因組變異景觀。
該研究進一步通過追蹤多個遺傳參數(shù)間相關(guān)性隨著物種分化時間增加的變化趨勢，證實除背景選擇以外反復(fù)的選擇性清除也是導致基因組相似變異模式的重要驅(qū)動力。
該研究通過對不同物種基因組上等位基因分布模式、遺傳負荷積累程度，以及正選擇信號的綜合分析，揭示了種間漸滲特別是適應(yīng)性漸滲對錐屬物種基因組變異模式的影響，也揭示了多種進化力量共同驅(qū)動基因組變異格局的復(fù)雜過程與機制。
相關(guān)論文信息：https://doi.org/10.1093/molbev/msae191
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