[所屬分類(lèi):行業(yè)動(dòng)態(tài)] [發(fā)布時(shí)間:2024-9-25] [發(fā)布人:楊曉燕] [閱讀次數(shù):] [返回]

殼斗科錐屬物種間相似基因組變異模式獲揭示
作者：朱漢斌，周標(biāo)峰    來(lái)源：中國(guó)科學(xué)報(bào)
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中國(guó)科學(xué)院華南植物園研究員王寶生團(tuán)隊(duì)在廣東省基礎(chǔ)與應(yīng)用基礎(chǔ)研究旗艦項(xiàng)目和廣東省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室項(xiàng)目資助下，研究揭示了殼斗科錐屬物種間相似基因組變異模式形成的進(jìn)化機(jī)制。相關(guān)成果發(fā)表于《分子生物學(xué)與進(jìn)化》（Molecular Biology and Evolution）。
遺傳變異的形成與維持機(jī)制是進(jìn)化生物學(xué)研究的重要議題。已有研究表明不同物種間的基因組變異模式存在一定的相似性，受到多種進(jìn)化力量的影響。但是不同進(jìn)化機(jī)制對(duì)相似基因組變異景觀形成的貢獻(xiàn)，以及不同機(jī)制間復(fù)雜的互作模式尚不清楚。此外，已有的研究大都基于近期快速輻射產(chǎn)生的物種或者少量分化時(shí)間較長(zhǎng)的物種對(duì)，缺乏在長(zhǎng)期進(jìn)化尺度上對(duì)基因組變異景觀的系統(tǒng)性研究。
該研究首先組裝了一個(gè)高質(zhì)量的甜櫧（Castanopsis eyrei）參考基因組，繼而對(duì)我國(guó)亞熱帶常綠闊葉林中廣泛分布的12個(gè)錐屬物種進(jìn)行群體水平的取樣，通過(guò)基因組重測(cè)序獲得了5千多萬(wàn)個(gè)單堿基核酸變異位點(diǎn)（SNP）。群體基因組學(xué)分析發(fā)現(xiàn)這些物種的基因組變異格局高度相似，并且遺傳變異水平與重組率以及基因密度高度相關(guān)，說(shuō)明長(zhǎng)期的連鎖選擇和保守的基因組特征共同塑造了相似的基因組變異景觀。
該研究進(jìn)一步通過(guò)追蹤多個(gè)遺傳參數(shù)間相關(guān)性隨著物種分化時(shí)間增加的變化趨勢(shì)，證實(shí)除背景選擇以外反復(fù)的選擇性清除也是導(dǎo)致基因組相似變異模式的重要驅(qū)動(dòng)力。
該研究通過(guò)對(duì)不同物種基因組上等位基因分布模式、遺傳負(fù)荷積累程度，以及正選擇信號(hào)的綜合分析，揭示了種間漸滲特別是適應(yīng)性漸滲對(duì)錐屬物種基因組變異模式的影響，也揭示了多種進(jìn)化力量共同驅(qū)動(dòng)基因組變異格局的復(fù)雜過(guò)程與機(jī)制。
相關(guān)論文信息：https://doi.org/10.1093/molbev/msae191
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