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新方法評估基因轉(zhuǎn)錄物降解受到的調(diào)控
山東拓普生物工程有限公司
Shandong Tuopu Biol-Engineering Co.,Ltd
Hubrecht研究所(KNAW)的研究人員開發(fā)了一種新方法來評估基因轉(zhuǎn)錄物的產(chǎn)生和降解受到調(diào)控。在這項研究中,他們發(fā)現(xiàn)細胞使用不同的策略來控制轉(zhuǎn)錄本拷貝的數(shù)量,這是細胞正常運行所必需的。
我們的身體由數(shù)萬億個包含相同DNA的細胞組成。即使每個細胞中的DNA相同,我們也由許多不同的細胞類型組成,每種細胞具有不同的功能。在不同的細胞類型中,DNA上不同的基因組是有活性的-使用不同的配方來構(gòu)建細胞的成分。反過來,這又決定了它是哪種細胞,例如皮膚細胞或肌肉細胞。為此,細胞會復制可用于生產(chǎn)蛋白質(zhì)的所謂基因的副本。
平衡創(chuàng)造與破壞
細胞中每個基因的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量是這些基因活性的量度?梢酝ㄟ^制作新副本(稱為轉(zhuǎn)錄過程)和銷毀已存在的副本(稱為降解過程)來影響此數(shù)字。在單個細胞中,轉(zhuǎn)錄本拷貝數(shù)通常是通過分解細胞來測量的,因此在同一細胞中不能隨時間追蹤。因此,到目前為止,尚不清楚單個細胞中轉(zhuǎn)錄和降解的組合如何調(diào)節(jié)特定轉(zhuǎn)錄本的拷貝數(shù)。
標記新副本
Alexander van Oudenaarden,Hans Clevers和Marvin Tanenbaum小組的研究人員著手解決這一問題,方法是開發(fā)一種新的單細胞測序技術(shù),以區(qū)分新鮮制作的轉(zhuǎn)錄本和已有的轉(zhuǎn)錄本。
獨特的策略
通過將這些數(shù)據(jù)與計算機模型相結(jié)合,研究人員可以發(fā)現(xiàn),轉(zhuǎn)錄和降解都與調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄本的拷貝數(shù)量密切相關(guān)。Battich:“細胞似乎使用不同的策略來調(diào)節(jié)其基因的活性或這些轉(zhuǎn)錄本的拷貝數(shù)。對于某些基因,細胞必須能夠非常迅速地改變拷貝數(shù)。這些基因都在通過同時參與這兩個過程,細胞能夠非?焖俚馗淖兛截悢(shù),例如同時減少轉(zhuǎn)錄和增加降解。
這種稱為scEU-seq的新方法可用于研究眾多過程,例如發(fā)育過程中的細胞專門化,健康和癌癥系統(tǒng)中細胞分裂的調(diào)控。