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一種無需CRISPR的基因組編輯技術
山東拓普生物工程有限公司
Shandong Tuopu Biol-Engineering Co.,Ltd
“這項工作最有趣的方面是我們三個實驗室有機地結合在一起。這不是因為有人告訴我們聚在一起做某事,而是因為科學引領了我們。”
在過去的十年中,基因編輯已迅速普及,借助CRISPR-Cas9等相關技術,科學家可以比以前更輕松地對DNA進行有針對性的改變,然而盡管這些先進的工具可以在細胞核中起作用,而那些隱藏在細胞的某些部分的遺傳信息仍然頑固地處于CRISPR無法達到的地方。
近日,一種新的無CRISPR的工具讓這種基因編輯能力到達了細胞的第二個較小的基因組——線粒體中,這是線粒體DNA的第一個精確基因編輯器。
到目前為止,研究線粒體疾病的科學家們只能通過破壞細胞器,來進行線粒體DNA研究。但是,他們不能糾正單個突變,同時保持其他線粒體基因的完整性。
Mootha表示,盡管這種新工具尚不能直接用于人類,但它將使科學家更容易研究動物中的這些疾病,以及基本的線粒體生物學!斑@是這一領域的一種革新性技術。現在有可能創(chuàng)建線粒體DNA疾病的小鼠模型,在此之前,這一直是非常困難的。”
一種不尋常的蛋白質
兩年前,Mougous實驗室的博士后Marcos de
Moraes在分析一種毒素工作原理的時候,發(fā)現結果與他預期不同,這種毒素是一種脫氨酶,一種可通過去除氮而引起基因突變的蛋白質。
大多數脫氨酶靶向天然的單鏈DNA或RNA單鏈。這種脫氨酶很奇怪,幾個月以來,de
Moraes均未成功分析該蛋白質。最后他決定嘗試一些他沒想到的工作:雙鏈DNA。
脫氧核糖核酸通常被發(fā)現是雙螺旋,但是“似乎脫氨酶僅作用于單鏈脫氧核糖核酸末端!
而這種異常的脫氨酶讓他們大吃一驚——能斷裂雙鏈DNA,de Moraes說,這可能是他科學生涯中最激動人心的時刻了。
De Moraes和他的同事花了幾個月的時間來確認這一最初發(fā)現,然后,Mougous意識到實驗室可能正研究對基因編輯有用的東西,因此聯系了Liu。
新編輯技術
Liu的團隊先前已經開發(fā)了幾種精密的工具,用以編輯細胞核中的DNA,其中包括可以改變單個字母的“堿基編輯器”,但是線粒體的基因編輯還十分困難。
著名的CRISPR-Cas9系統依靠一小段“引導”
RNA來引導Cas9酶到基因組中的特定位置,在此處它可以剪切DNA的兩條鏈,Liu的團隊的基本編輯技術使用了相同的方法。Liu說,因為沒有人知道如何將引導RNA轉運到線粒體中,所以無法編輯線粒體DNA。
Mougous的新分子令人興奮,但它是天然存在的細菌毒素,而不是現成的基因編輯器。未經檢查,它可能會破壞DNA的一切,因此科學家們必須找到一種方法來防止脫氨酶改變DNA,直到到達正確的位置。
解決方案是:將蛋白質分成兩個無害的部分,研究人員依照3D成像數據將蛋白質分為兩個部分,他們將每個脫氨酶的一半融合到不需要引導RNA的可定制DNA靶向蛋白上,這些蛋白與特定的DNA片段結合,將兩半結合在一起,從而使脫氨酶恢復功能,并作為一種蛋白質發(fā)揮作用。
Liu的團隊使用這項技術對特定的線粒體基因進行了精確的改變,之后專注于線粒體生物學的Mootha實驗室進行了測試,查看這些編輯是否具有預期的效果。
Mootha說:“您可以想象,如果將編輯工具引入線粒體中,可能會造成某種災難。但是結果表明它非常精確!闭麄線粒體功能良好。