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我國學者破譯首個染色體水平的腐爛莖線蟲基因組
作者：李勃，張行勇      來源：中國科學報
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腐爛莖線蟲（Ditylenchus destructor）能夠侵染馬鈴薯、甘薯、大蒜、當歸等120余種作物而使其致病甚至死亡，其中對馬鈴薯、甘薯等薯類作物的危害尤為嚴重，由腐爛莖線蟲導致的甘薯莖線蟲病更是我國北方薯區(qū)的三大病害之一。但是，腐爛莖線蟲作為一類重要的植物檢疫性有害生物，目前對其致病機理的研究仍十分有限，生產上缺乏安全高效的病害防控措施。
近日，陜西省生物農業(yè)研究所聯(lián)合中國農業(yè)科學院植物保護研究所、榆林市農業(yè)科學研究院等單位在Nature旗下學術期刊《科學數據》（Scientific Data）上在線發(fā)表破譯首個染色體水平的腐爛莖線蟲基因組的研究結果，為進一步解析腐爛莖線蟲致病機理、開發(fā)病害防控新策略奠定了基礎。
該項研究利用Illumina測序、PacBio測序和Hi-C輔助組裝技術，結合RNA-seq數據，獲得了大小為133.86 Mb的腐爛莖線蟲基因組，其中129.51 Mb（占基因組的96.74%）被成功錨定在4條假染色體（pseudo-chromosome）上，Scaffold N50為32.25 Mb，首次實現(xiàn)了腐爛莖線蟲基因組的染色體水平組裝。該研究共注釋獲得19,165個蛋白編碼基因，其中18,444個基因（占全部蛋白編碼基因的96.24%）具有功能注釋。該基因組BUSCO評分為73.8%，顯著高于目前已公布的其他植物線蟲基因組。
上述相關研究結果為進一步解析腐爛莖線蟲致病機理與制定病害防控策略提供了高質量的基因組數據資源。
陜西省生物農業(yè)研究所楊藝煒助理研究員為本文第一作者，常青副研究員為通訊作者。
文章相關信息：https://www.nature.com/articles/s41597-024-04293-x#:~:text=Herein%2C%20we%20combined%20Illumina%20short%20reads%2C%20PacBio%20long,a%20chromosome-scale%20reference%20genome%20assembly%20for%20D.%20destructor. 
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